L'événement est tel que le président de la CTG, Rodolphe Alexandre, a fait le déplacement pour venir en ce mardi matin à la présentation des équipes de Pasteur en Guyane face à leur nouveau matériel qui permet d'analyser jusqu'à 23 souches virales en même temps. L'enjeu est de taille, en quelques heures seulement, il devient désormais possible de disposer de résultats d'analyses de la plus haute précision, contre une dizaine de jours précédemment. À l'époque, il fallait encore envoyer les prélèvements en hexagone.

C'est le pôle européen de la CTG qui, avant que n'apparaisse la pandémie, a initialement permis de débloquer près de 500 000€ afin de renforcer la capacité de recherche de l'Institut Pasteur de Cayenne dans le domaine des virus émergents. Un investissement qui s'est révélé être une véritable aubaine en permettant aujourd'hui à la Guyane d'être l'un des tous premiers départements d'Outre-Mer équipé d'un séquenceur.

" L'Institut Pasteur a répondu à un appel à manifestation d'intérêt, nous sommes très heureux du travail de nos équipes et de celui des membres de sa direction que je remercie. On récolte aujourd'hui les fruits de cette initiative " se réjouit le président de l'assemblée de Guyane, Rodolphe Alexandre.

Pour le Pr Mirdad Kazanji, directeur de l'Institut en Guyane et qui a suivi le financement depuis le début, c'est une dernière étape déterminante qui vient d'être franchi. " Nous avons acheté le séquenceur il y a quelques mois, il ne nous manquait que des réactifs spécifiques au Covid pour être en pleine capacité. Nous avions aussi les amplificateurs, les cœurs informatiques pour analyser les séquences, il s'agit d'un ensemble qui était déjà en place et qui a permis d'aller très vite pour finalement permettre d'adapter ces moyens à la réalité du Covid " nous explique le virologue.

Si dans la pratique, la base de la manipulation des échantillons se rapproche de celle d'un test PCR ou d'un processus de criblage, dans les faits ; le niveau d'affinage qu'offre les techniques de séquençage permet de connaître la nature précise du génome de la souche analysée.

Et par conséquent, de déterminer si telle souche correspond à tel variant prélevé dans telle zone géographique. La technique permet ainsi d'établir un lien entre une souche de variant et son éventuelle résistance à certains vaccins. " Nous allons porter une attention particulière à des patients qui auraient déjà été vaccinés mais qui pourraient néanmoins à nouveau avoir des symptômes " nous précise Damien Donato, technicien en biologie moléculaire sur le site de Cayenne.


" Pour ces projets de séquençage du Covid, on a à peu près 5 millions de séquences à analyser, ce que l'on ne peut pas traiter à la main. Il est évidemment possible pour un chercheur de faire quelques analyses, mais la multiplicité des étapes de découpage ou encore de nettoyage et de purification rendent presque impossible ce traitement sans l'assistance de l'outil informatique, nous explique le Dr Anne Lavergne, responsable du laboratoire des interactions virus-hôtes, qui est partie à Pasteur Paris se faire former aux dernières techniques de séquençage. Les compétences en bioinformatique des chercheurs d'un laboratoire tout comme la capacité de calcul de leurs ordinateurs peuvent constituer des facteurs limitants à la bonne maitrise des techniques de séquençage. Cependant, étant donné nos activités antérieures : à l'Institut Pasteur de la Guyane nous avions la capacité de répondre dès aujourd'hui " nous précise la chercheur.

Une fois le gros du séquençage terminé, il ne reste plus qu'à faire le comparatif entre les séquences analysées et celles de référence : " Grâce à la banque de données Gizaid, on peut assez facilement bien voir les similarités entre ce que nous avons analysé ici et ce qui avait été séquencé à Paris auparavant. C'est rassurant de voir que nous avons exactement les mêmes et ainsi pouvoir valider notre manipulation " nous détaille Sourakhata Tirera, un bioinformaticien qui travaillait déjà avant la crise sur des projets de séquençage à haut-débit, notamment autour de la leishmaniose.


Au delà des applications à la recherche sur les coronavirus humains, le séquençage va permettre -une fois la crise sanitaire écartée- d'élargir l'analyse génomique par séquençage à de nombreux autres champs spécifique à la Guyane.

"Je pense qu'il serait pertinent de procéder à des études concernant les coronavirus sur des animaux avec lesquels nous avons une certaine proximité, je pense aux chauve-souris mais pas uniquement. Certains carnivores, même chiens ou chats seraient des réservoirs assez intéressants, continue le Dr Lavergne. Au delà des coronavirus, on va pouvoir répondre rapidement à l'identification de certains virus lorsque l'on constate des émergences. La métagénomique qui vise à déterminer l'ensemble des souches virales d'un groupe d'animaux dont les espèces sont proches y a un rôle à jouer. On ne parle alors plus de cinq millions de séquences comme pour ce coronavirus, mais de plus de soixante-cinq millions en de pareils cas d'études " nous explique-t-elle en conclusion.

L'Institut Pasteur de la Guyane entend utiliser encore une partie de son financement européen afin d'acquérir prochainement un second séquenceur et encore accroître ses capacités en recherche de pointe.